Le transaminasi sono usate in medicina ufficiale, soprattutto al fine di evidenziare la presenza o meno di un danno epatico.

Si può registrare un aumento delle transaminasi nelle epatiti acute, croniche, nelle epatopatie tossiche (es. quelle da vaccino), nella calcolosi del coledoco e della colecisti, nelle colecistiti acute, nei casi di colestasi intraepatica, nella mononucleosi infettiva.
Si possono registrare alterazioni anche in corso di malattie del miocardio (tipo infarto del miocardio e miocarditi) o dei muscoli (traumi, distrofia muscolare anche da vaccino).
Si registra un graduale ritorno ai valori normali delle transaminasi nel sangue in via di guarigione.
È necessario però sottolineare che quando il danno epatico si è instaurato in modo massiccio e cronico, ossia vi sia stata una lisi notevole di cellule epatiche nel tempo, con trasformazione cirrotica, un ulteriore abbassamento delle transaminasi non è indice di guarigione bensì del fatto che non ci sono più cellule epatiche a riversare questi enzimi nel sangue (indice di prognosi negativa).

La GOT (o AST) è presente all’interno della cellula legata ai mitocondri, mentre la GPT (o ALT) si trova soprattutto libera nel citoplasma. Se la cellula è integra, tali enzimi rimangono all’interno della stessa; un fenomeno infiammatorio causato da virus o da sostanze tossiche anche vaccinali, che determini alterazione della permeabilita' della membrana e/o distruzione della cellula, fa sì che le transaminasi vengano liberate all’esterno della cellula e riversate nel torrente sanguigno, con conseguente aumento della loro concentrazione plasmatica, misurabile con metodiche di analisi biochimica.